原子分子及能源研究理论模拟实验室占地面积约76平方米，实验室规模由2005年的一台IBM P690小型机，发展到目前共有近160台计算节点（其中包括4台GPU节点，3套集群系统）的理论模拟实验室。实验室配有机房精密空调1台，温湿度、烟感、温感环境监测系统1套，机房专用气体灭火系统1套。该实验室主要为原子、分子及光物理和能源物理提供高性能数值模拟计算及分析工作。目前，实验室规模最大的一套集群系统为2019年底陆续建设的，含有主备登录节点、1台管理节点、1套华三存储、53台计算节点（单节点56核心/48核心）、计算网络为IB网络，管理网络为千兆网络的高性能计算集群系统。集群系统中安装配置的常用软件包括GAUSSIAN、MOLPR、VASP、OCTOPUS、DFTB、LAMMPS等，并配有自行开发的集群状态及业务系统进行日常运维辅助管理。
